主页 > 新闻中心 > 技术前沿 > 新闻内容
分离菌株的生理生化特征分析
2017-10-27 来源:北纳生物

芽孢杆菌

<芽孢杆菌>

1、 碱蓬内生中度嗜盐菌的分离对秋季的碱蓬植株进行内生菌的分离, 在含有 3%及5% NaCl的MH平板上分离到存在菌落形态差异的15株菌, 分别标为菌株ST303、ST305、ST306、 ST307、ST501、ST504、ST505、B01、B02、B03、B04、D01、D02、D03和D04。含有0.5% NaCl的MH 平板上菌落数目及种类都较少, 且与含有3% 及5% NaCl MH 平板上的菌落形态基本一致。高氏I号平板上没有长菌。菌株ST306 为革兰氏阳性芽孢杆菌, 其他均为革兰氏阴性杆状菌。另外, 碱蓬种子中分离到一株芽孢杆菌。

2、 分离菌株的生理生化特征本实验所分离的碱蓬内生菌中, 有10株革兰氏阴性杆菌的NaCl耐受度能达到或超过19%, 有4株达到 14%, 而且其最适生长NaCl 浓度均在3%−7%之间, 符合中度嗜盐菌的定义, 同时与碱蓬中的 NaCl 浓度相对应。另外, 革兰氏阳性芽孢杆菌 ST306 的耐盐度能达到 13%。从生理生化实验结果(表1)中可以看出, 所分离的14株革兰氏阴性中度嗜盐菌在硝酸盐还原、乳糖和海藻糖发酵产酸、淀粉水解、M. R、V. P 和苯丙氨酸脱氨酶项目中结果均为阴性, 而在 H2S 还原、酪素水解、DNA 水解和明胶水解等方面表现出显著差异。同时, 酪素、Tween 20、DNA、ONPG 及尿素的水解实验表明, 在分离的15株菌中, 3 株菌能够产蛋白酶, 14 株菌能够产酯酶, 8 株菌能够产 DNA 酶, 11 株菌能够产半乳糖苷酶, 14 株菌能够产脲酶, 而且菌株ST504、ST505 可以同时产这5种酶。

3、 中度嗜盐菌16S rRNA 序列的相似性比较和系统进化分析使用 16S-F1 引物对获得的 15 株中度嗜盐菌的 16S rRNA 基因进行测序, 共获得 15 条有效序列, 长度均大于700 碱基, 在 GenBank 数据库中使用 BLAST 进行同源性比较, 调出相似性最高相关菌株的 16S rRNA 基因序列(表2), 对其中最高同源性低于 98% 的 16S rRNA 基因进行了全长测序以增加比对的可靠性。将所测序列与相近中度嗜盐菌已知种及 Halomonadaceae 科中部分相关种的模式菌株进行系统进化树估算, 得到以 16S rRNA 序列为基础的系统发育树(图1)。16S rRNA 序列系统发育分析表明, 实验所分离的15 株中度嗜盐菌可以分为 4 类, 其中2个类群可归于 Halomonadaceae 科,分别是类群 I 和类群 II。类群 I 以菌株 ST307 为代表, 包括菌株 B02, B03 和 B04, 它们的 16S rRNA 序列与 Chromohalobacter israelensis 模式菌株ATCC 43985T (AJ295144) 的相似性最高仅有 95%。菌株 ST307 已经作为新种 Chromohalobacter tungyingensis sp. nov. 的模式菌株在 CGMCC 进行了保藏,保藏号为1.8902 (其鉴定的相关数据另投稿至 IJSEM)。类群 II 以菌株 ST504 为代表, 包括菌株 ST505、B01、D01、D02、 D03 和 D04, 共 7 株菌, 是碱蓬内生中度嗜盐菌中的优势类群, 其16S rRNA 序列与菌株 Halomonas sp. KY-Sp2-1 (AB305229) 或 Kushneria marisflavi strain SW32 (AF251143) 的相似性均达到 98%以上。K. marisflavi 是 2009 年2月由 H. marisflavi 变更而来, 因此该类群的上述7株菌应该归属于 Kushneria 属。

值得一提的该类群中各分离菌株虽然同属于 Kushneria 属 , 但它们之间的同源性在 96%−99%之间, 而且该类群的部分菌株在系统进化树中以较高的自展值形成了新的分支,丰富了 Kushneria 属中种级分类单元的多样性, 暗示了新分类单元的存在。类群III以菌株ST303为代表,包括菌株ST305和 ST501,它们的16SrRNA 序列与一株Gammaproteobacteria 亚门中尚无明确分类地位的耐盐固氮细菌 Haererehalobacter sp. JG 11 (EU937754) 的相似性达到99%, 同时该类群菌株与 Halomonadaceae 科 Halomonas salaria DSM 18044T (AM229316)的相似性为 97%, 所以类群 III 的分类地位有待进一步确定。

类群IV包括菌株ST306,为本实验所分离菌株中唯一的一株芽孢杆菌, 其16S rRNA 序列与已发表菌株的相似性最高也只达到 96%, 它有可能代表了Bacillus 属中的一个新种甚至更高的分类单元。总体来说,碱蓬内生中度嗜盐菌涉及 Halomonadaceae科的Chromohalobacter 属、Kushneria 属、Halomonas 属以及Bacillaceae 科的Bacillus 属, 体现了较丰富的种属多样性, 更为重要的是分离获得了菌株ST305、ST306、ST307、 B01、D02 等新的菌种资源。大部分分离菌株与已知物种典型菌株之间的16S rRNA序列都有一定差异。这些结果揭示了盐地碱蓬内生中度嗜盐菌的稀有性及丰富的多样性。

 

相关推荐:

枯草芽孢杆菌脂肪酶分泌影响机制

名词解释:微生物枯草芽孢杆菌

收藏网址送话费

加微信送红包

上一篇:影响生物反应器培养细胞株需的关键参数

下一篇:分离菌株的生理生化特征分析结论